研究者情報
KANPHOS (Kinase-Associated Neural PHOspho-Signaling): データ駆動型研究の基盤となるデータベースの構築
氏名：
觀音 隆幸
職位：
講師
所属：
藤田医科大学
医学部 医用データ科学講座
医学部 医用データ科学講座
分野：
バイオ
キーワード：
データ駆動型研究, データベース, データエンジニアリング, ニューロインフォマティクス, バイオインフォマティクス
研究メンバー：
村重 哲史・助教、山橋 幸恵・助教、船橋 靖広・講師、坪井 大輔・講師、西岡 朋生・講師、吉本 潤一郎・教授、永井 拓・教授、貝淵 弘三・教授
KANPHOS は、タンパク質リン酸化の情報を提供する Web ベースのデータベースであり、細胞内シグナル伝達に重要な役割を果たすプロテインキナーゼが、どのタンパク質基質を修飾するのかという情報に着目し、プロテインキナーゼやタンパク質基質の機能や関連疾患に関する情報をワンストップで検索できるようにすることを目指して開発しています。すべてのデータは、専門家によるレビューとキュレーションによって品質管理されています。KANPHOS は、基盤プラットフォーム XooNIps をベースに構築されています。
基盤プラットフォームXooNIps
インターネット上で多様な電子データをメタデータと供に共有をするためのWebデータベース基盤システムであり、以下の特徴を持っています。
- データ公開レベルの設定 - 一般公開，グループ内公開，非公開
- アイテムタイプによるデータの分類 - 実験結果のファイル，関連する論文，URL等
- データの検索 - 全体検索，詳細検索
- ワークフローによる品質維持 - 登録，査読，公開を複数人で分担
- 外部データベースとの連携・横断検索
KANPHOSの主な機能
特許・論文情報
関連文献・知財等
- Ahammad, R.U., et al. (2021). Cells, 11(1):47.
- Amano, M., et al. (2015). The Journal of Cell Biology, 209 (6), 895-912.
- Nishioka, T., et al. (2015). BBA - Proteins and Proteomics, 1854 (10 Pt B), 1663-1666
- Nagai, T., et al. (2016). Neuron, 89 (3), 550-565.
- Kannon, T., et al. (2014). Advances in Neuroinformatics 2014, RI-5.
シーズ
研究データを収集・変換し、データ駆動型研究の基盤となるデータベースとして公開する「データエンジニアリング」